Avant d’être installé rue du May, le musée du Vieux-Toulouse a connu bien des vicissitudes. Sa création est annoncée dans L’Auta d’octobre 1907 avec un appel aux dons pour constituer ses collections. Il est installé à la caserne de la Mission et le musée est ouvert le matin du deuxième dimanche de chaque mois. Il comprend deux sections : vie quotidienne et collection graphique.
Ce premier musée tant voulu par Bacquié-Fonade est inspiré du Museon Arlaten et se veut le musée du Peuple, le musée des traditions populaires et de la langue occitane, véritable écrin « des us et coutumes de chez nous ». Grâce à la Municipalité, il est d’abord installé dans deux petites pièces de l'ancien couvent de la Mission, fondé par les Jésuites au XVIIe siècle, sur le quai de La Daurade. Le mobilier est limité à une vingtaine de chaises acquises chez Sicre et à quelques armoires et vitrines récupérées ça ou là. Les visiteurs viennent par curiosité et bientôt se font plus nombreux et souvent offrent quelques objets ou gravures leur appartenant.
En 1911, les collections sont devenues plus importantes et ne peuvent plus contenir dans les deux salles de la caserne de la Mission. Les Toulousains de Toulouse adressent une demande au maire pour obtenir l’hôtel de Loubens afin d'y loger le musée et le Conseil municipal leur accorde le rez-de-chaussée de la caserne. Une visite avec l’architecte de la ville Galinier permet de dresser la liste les travaux à effectuer et le 3 décembre 1911, le Conseil municipal vote un budget de 60 000 F pour sa restauration. Pendant la guerre de 1914, le « musée » échappe aux réquisitions mais les Toulousains doivent céder une des deux salles à l’armée jusqu’en 1916.
Lorsqu’ils la récupèrent en 1917, ils y organisent une exposition de documents concernant le Pont-Neuf, l’Hôtel-Dieu et l’Hospice de la Grave qui sont accusés de freiner le cours de la Garonne et pour limiter les dégâts en cas d'inondation, ces bâtiments sont menacés de destruction.
Après la guerre, le musée déménage pour être logé dans l’hôtel de Roquette, rue Ozenne, mais le projet tombe à l'eau et la Municipalité décide alors de céder à l'Association des locaux au premier étage de l’école Fabre, située au n° 6 rue Saint-Jean, à partir de janvier 1921. Le musée bénéficie d’une grande salle et de deux pièces plus petites de part et d’autre d’un couloir. Chacun voulant participer à son enrichissement, les collections s’étoffent peu à peu. La nouvelle installation est inaugurée le 29 octobre 1921 en présence d’Auguste Puis, sous-secrétaire d’état à l’Agriculture, du préfet Second et du maire Paul Feuga. Des érudits toulousains, membres de l’Association font des dons plus importants : Gabriel Gay, Henry Rouzaud, Auguste Puis, le Dr Secheyron, le duc de Trévise, fondateur à Paris de la Société de la Sauvegarde de l’Art Français. A cela il faut aussi ajouter des achats en divers lieux : antiquaires, inquet, salle des ventes grâce aux chasseurs de trésors que sont Ernest Giscaro et Paul Mesplé.
L'embellie ne dure qu'un temps car il faut libérer l’Ecole Fabre et faute de locaux disponibles, les collections sont mises en caisse pour plusieurs années.
Enfin, après le don de l’hôtel Dumay par le Dr Siméon Durand en 1948, le musée est installé dans les pièces disponibles au premier étage. Il compte quatre salles et la galerie (à l’époque fermée par des vitres) qui sont aménagées avec dévouement et compétence par un trio de conservateurs (Ernest Giscaro, Félix Mathieu et Pierre Salies) aidés par plusieurs membres, pour ne pas dire tous les membres du conseil d’administration de l’Association. Cette « équipe » va en améliorer la présentation au fur et à mesure des acquisitions. Chaque salle est centrée sur un thème : art toulousain, institutions, vieux Toulouse et vie familière. La céramique est exposée dans la galerie et même les caves sont aménagées pour présenter ferronnerie, sculpture et épigraphie.
Le musée peut rouvrir ses portes et accueillir les visiteurs . L’inauguration a lieu le 5 juin 1955, en présence de Raymond Badiou, maire de Toulouse. Une animation pittoresque est donnée par le groupe folklorique Ramelet Moundi habillé en costumes toulousains. Un numéro spécial de L’Auta est édité pour l’occasion et sert de guide à la visite (n° 249, août 1955) et un peu plus d'un an plus tard, c'est la salle Félix-Mathieu (salle des faïences) qui est inaugurée le samedi 24 novembre 1956.
Deux nouvelles salles, consacrées à l’artisanat : sabotier, vannier, maréchal-ferrant, tisserand, savetier, etc., sont aménagées et inaugurées le dimanche 22 novembre 1959 en présence de plusieurs personnalités et du groupe Terro Moundino. En réalité c'est l’ensemble des salles qui a été remanié.
En 1960, la grande salle du rez-de-chaussée est aménagée pour accueillir des expositions temporaires et la première est consacrée à la prestidigitation : « Du Commandeur Cazeneuve à M. Fran-Tou-Pas ».
Pendant l’été 1964, la réorganisation des salles donne lieu à une visite organisée pour les membres de l’Association. En 1967, de nouveaux aménagements sont présentés.
En 2003, le musée du Vieux-Toulouse obtient le label Musée de France. Une rénovation des salles du Musée est entreprise dans quatre des salles à la suite de l'exposition consacrée au centenaire de l'Association en 2006. Le Musée restera fermé pendant deux ans. En 2012 le musée achève sa rénovation en présentant deux salles des arts et traditions populaires remaniées centrées sur la céramique domestique et le costume au XIXe siècle.
Liste des conservateurs
Santouil (1911) ; Gabriel Gay (1911-1921) ; Alexandre Biscons (1921-1928) ; Ernest Giscaro (1929-1968) ; Félix Mathieu (1954-1960) ; Pierre Salies (1954-1966) ; Maurice Prin (1967-1968) ; René Trazit (1967-1968) ; René Calestroupat (1966-1980) ; Jean Penent (1980-2003) ; Monique Rey-Delqué (2003-2012), Francis Saint-Genez (2014-2022).
Depuis juin 2022 Amandine de Pérignon est responsable scientifique des collections du musée.